堿基順序比對(duì)工(gōng)具 - Sequence Manipulation Suite

堿基順序比對(duì)工(gōng)具(按堿基标顔色)可以将FASTA格式或者GDE格式的多條序列,逐個堿基進行比對(duì),根據比對(duì)情況标記相應的顔色。與Blast不同,它不會(huì)考慮gap,它隻是簡單按照堿基順序逐一進行比較。特定堿基位如果完全相同則标記爲黑色,如果不完全相同則标記爲灰色,如果完全不同則留爲白(bái)色。您可以控制堿基相似率,大(dà)于這(zhè)個相似率即可顯示爲黑色背景。

輸入多條FASTA格式或GDE格式的序列,長度限定在200000個字符.

每行顯示 個堿基。

堿基相同率達到(dào)多少,可認爲是序列一緻:

* 顔色标記方法

輸入一組相似氨基酸并用(yòng)逗号隔開(kāi),它将被用(yòng)于相似程度計(jì)算(suàn)。如果您是要比對(duì)DNA序列,請(qǐng)留空(kōng)。

輸入每條序列比對(duì)時(shí)的開(kāi)始位置,并用(yòng)逗号隔開(kāi),順序請(qǐng)保持與序列順序一緻. 形式如: 0, 200, 0, -1. 如果沒有指定,則默認爲從(cóng)第一位置(0位)開(kāi)始。

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