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生物工(gōng)具
格式轉換工(gōng)具

合并FASTA格式序列

EMBL格式轉換爲FASTA格式

DNA序列清理(lǐ)

蛋白(bái)序列清理(lǐ)

GenBank格式轉換成FASTA格式

氨基酸單字母到(dào)三字母

反向互補序列計(jì)算(suàn)

密碼子分離器

FASTA文(wén)件分割

氨基酸三字母到(dào)單字母
序列分析工(gōng)具

繪制密碼子譜

密碼子使用(yòng)頻率表計(jì)算(suàn)

DNA分子量計(jì)算(suàn)

DNA堿基統計(jì)

DNA/蛋白(bái)序列相似度比較

根據已知(zhī)蛋白(bái)序列生成cDNA

酶切突變工(gōng)具

開(kāi)放(fàng)閱讀框查找

雙序列密碼子比對(duì)

雙序列DNA堿基比對(duì)

雙序列蛋白(bái)殘基比對(duì)

PCR引物信息統計(jì)

PCR産物推測

蛋白(bái)親水(shuǐ)分析工(gōng)具

蛋白(bái)等電點計(jì)算(suàn)器

蛋白(bái)分子量計(jì)算(suàn)

蛋白(bái)序列氨基酸組成統計(jì)

DNA模拟酶切分析

常見酶切位點統計(jì)

蛋白(bái)序列到(dào)基因序列

基因序列到(dào)蛋白(bái)序列
序列圖形化分析工(gōng)具

DNA帶數字分組格式化

蛋白(bái)序列帶數字分組格式化

酶切位點标記圖

DNA翻譯圖譜
随機序列生成工(gōng)具

随機突變DNA

随機突變蛋白(bái)序列

随機生成cDNA

随機生成DNA

随機突變特定位置的DNA

随機生成蛋白(bái)質序列

随機突變蛋白(bái)序列的特定位置

DNA随機采樣

蛋白(bái)質随機采樣

打亂DNA

打亂蛋白(bái)序列

根據已知(zhī)蛋白(bái)序列生成cDNA

此工(gōng)具可以根據已知(zhī)的多條蛋白(bái)序列結合密碼子使用(yòng)頻率表，将蛋白(bái)序列反翻譯爲可編碼的DNA序列。此工(gōng)具還可以在核苷酸水(shuǐ)平統計(jì)三聯密碼子每位堿基中ATGC的組成比例。在根據相關物種設計(jì)PRC引物，用(yòng)以退火至unsequenced coding sequence時(shí)可以使用(yòng)。

以FASTA格式或者GDE格式輸入等長可比對(duì)蛋白(bái)質信息，輸入長度限定在20000以内。

以GCG格式輸入密碼子表。默認的密碼子表是計(jì)算(suàn)至GenBank中的E.coli基因組信息。您可以從(cóng)密碼子使用(yòng)頻率數據庫中獲取。

AmAcid  Codon      Number    /1000     Fraction   ..
 
Gly     GGG     50527.00     11.12      0.15
Gly     GGA     39036.00      8.59      0.12
Gly     GGT    114185.00     25.14      0.34
Gly     GGC    130043.00     28.63      0.39
 
Glu     GAG     83804.00     18.45      0.32
Glu     GAA    179460.00     39.51      0.68
Asp     GAT    146794.00     32.32      0.63
Asp     GAC     87759.00     19.32      0.37
 
Val     GTG    115687.00     25.47      0.36
Val     GTA     51020.00     11.23      0.16
Val     GTT     86572.00     19.06      0.27
Val     GTC     67356.00     14.83      0.21
 
Ala     GCG    146264.00     32.20      0.34
Ala     GCA     93390.00     20.56      0.22
Ala     GCT     73677.00     16.22      0.17
Ala     GCC    113412.00     24.97      0.27
 
Arg     AGG      7423.00      1.63      0.03
Arg     AGA     12345.00      2.72      0.05
Ser     AGT     41544.00      9.15      0.15
Ser     AGC     70867.00     15.60      0.26
 
Lys     AAG     51685.00     11.38      0.25
Lys     AAA    156169.00     34.38      0.75
Asn     AAT     84846.00     18.68      0.46
Asn     AAC     98018.00     21.58      0.54
 
Met     ATG    123604.00     27.21      1.00
Ile     ATA     24233.00      5.34      0.09
Ile     ATT    135873.00     29.92      0.50
Ile     ATC    111878.00     24.63      0.41
 
Thr     ACG     63696.00     14.02      0.26
Thr     ACA     35995.00      7.93      0.15
Thr     ACT     43256.00      9.52      0.18
Thr     ACC    103121.00     22.70      0.42
 
Trp     TGG     65630.00     14.45      1.00
End     TGA      4428.00      0.97      0.30
Cys     TGT     23461.00      5.17      0.45
Cys     TGC     28747.00      6.33      0.55
 
End     TAG      1172.00      0.26      0.08
End     TAA      9006.00      1.98      0.62
Tyr     TAT     75774.00     16.68      0.58
Tyr     TAC     55847.00     12.30      0.42
 
Leu     TTG     60322.00     13.28      0.13
Leu     TTA     62823.00     13.83      0.13
Phe     TTT    100128.00     22.05      0.57
Phe     TTC     74885.00     16.49      0.43
 
Ser     TCG     39546.00      8.71      0.15
Ser     TCA     35837.00      7.89      0.13
Ser     TCT     42367.00      9.33      0.16
Ser     TCC     40365.00      8.89      0.15
 
Arg     CGG     25751.00      5.67      0.10
Arg     CGA     16607.00      3.66      0.07
Arg     CGT     93997.00     20.70      0.37
Arg     CGC     96053.00     21.15      0.38
 
Gln     CAG    130898.00     28.82      0.66
Gln     CAA     67129.00     14.78      0.34
His     CAT     57585.00     12.68      0.57
His     CAC     43743.00      9.63      0.43
 
Leu     CTG    231373.00     50.94      0.49
Leu     CTA     18067.00      3.98      0.04
Leu     CTT     51442.00     11.33      0.11
Leu     CTC     48147.00     10.60      0.10
 
Pro     CCG    101467.00     22.34      0.51
Pro     CCA     38663.00      8.51      0.20
Pro     CCT     32678.00      7.19      0.17
Pro     CCC     24383.00      5.37      0.12

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